Alpakoiden tarinan uskotaan alkaneen 2,5 miljoonaa vuotta sitten, kun vikunjan ja guanakon yhteinen kantaisä vaelsi Pohjois-Amerikasta Etelä-Amerikkaan alueelle, jossa Inka-sivilisaatio myöhemmin asusti. Tutkimusten mukaan alpakka on jalostettu vikunjasta villantuottajaeläimeksi jo noin 6 000 vuotta sitten, ollen näin ensimmäisiä ihmisen kesyttämiä koti- ja tuotantoeläimiä.